Air Limbah (limbah cair) yang dihasilkan dari Rumah Sakit sangat penting dan perlu diolah terlebih dahulu sebelum dibuang ke sungai. Perlu diketahui bahwa air limbah yang dihasilkan dari kegiatan operasional pelayanan RS tersebut mengandung racun dan bakteri yang berbahaya jika langsung dibuang ke sungai. Karena air sungai akan tercemar dan air sungai tidak akan bisa dimanfaatkan untuk kegiatan lainnya.
Instalasi Pengolahan Air Limbah (IPAL) RSU Muhammadiyah Ponorogo mulai beroperasi pada bulan Mei 2013 lalu dan telah sesuai standar peraturan yang berlaku. Hasil pengolahan air limbah RSU Muhammadiyah Ponorogo ini telah lulus uji pemeriksaan baku mutu oleh Balai Kesehatan Lingkungan Surabaya. Ini sebagai wujud kepedulian kami untuk menciptakan lingkungan yang ramah dan bersahabat.