Pada pertengahan tahun 2012, tepatnya Bulan Juni 2012, dilantiklah dr. Iwan Hartono, M. Kes sebagai Direktur RSU 'Aisyiyah Diponegoro menggantikan dr. H. Ilyas Sofana, Sp.OG yang telah berakhir masa jabatannya.
Sebagai langkah awal dalam kelanjutan program pengembangan RS, dr. Iwan melakukan perubahan struktur organisasi RS, dimana pada tahun 2013 secara resmi jabatan dibawah direktur dijabat secara berjenjang oleh Manager (sebelumnya Kabag/ Ka. Instalasi), Ka. Inst/ Kabag (sebelumnya Kasubag/ Kasi), Karu/ Kaur dan Koordinator. Pada perubahan Struktur Organisasi ini pula berdiri unit kerja baru yaitu Humas dan Pemasaran dibawah Administrasi dan Umum.
Beliau juga memprakarsai adanya kegiatan apel pagi (yang dilaksanakan setiap selasa pagi) untuk mengkomunikasikan setiap informasi dari berbagai unit kerja di RS.
Dibawah kepemimpinan beliau banyak kerjasama dengan pihak ketiga dilakukan, seperti kerjasama layanan kesehatan dengan BPJS Kesehatan, Jasa Raharja, BPJS Ketenagakerjaan dan PT. Agrofarm Nusa Raya.
Pada tahun 2013 ini pula RSU 'Aisyiyah Diponegoro menerima CSR dari Bank Syariah Mandiri berupa Ambulance APV.
Dalam hal peningkatan kompetensi dan kesejahteraan karyawan, untuk pertama kalinya RSU 'Aisyiyah Diponegoro memberangkatkan karyawan untuk program Umroh Karyawan. Sebanyak 2 orang karyawan tiap tahun diberangkatkan. Selain itu ada juga program pensiunan karyawan.
Program pendidikan dan pelatihan pun dilakukan antara lain memberangkatkan sekolah S2 MMR (dr. Iis Kartika), S1 Profesi Keperawatan/ S.Kep, Ners (Edi Suwito, Zulaikah, Heru Setiawan) serta pelatihan-pelatihan seperti Perawat Anestesi dan Perawat ICU.
Dalam hubungan jejaring RS Aisyiyah/ Muhammadiyah, dr. Iwan mempelopori dan merintis program PORSMA (Pekan Olah Raga Rumah Sakit Aisyiyah dan Muhammadiyah) AUMKES Jatim Bagian Barat mulai tahun 2012. Kegiatan ini akan mengakomodir dan memfasilitasi serta menjadi ruang bagi karyawan RS untuk menyalurkan hobi olahraga sekaligus sebagai sarana mempererat hubungan dengan jejaring RS Aisyiyah/ Muhammadiyah terutama di wilayah Jawa Timur Bagian Barat.
Tahun 2014 awal merupakan tahun-tahun dimana terdapat perubahan yang cukup signifikan bagi RS. Diawal tahun ini, nama RSU 'Aisyiyah Diponegoro Ponorogo berubah menjadi RSU Muhammadiyah Ponorogo. Pergantian nama tersebut merupakan salah satu dari rangkaian pembenahan yang tengah dilakukan saat itu untuk pelayanan yang lebih baik kepada masyarakat. Pergantian nama ini juga dimaksudkan agar masyarakat Ponorogo lebih mudah mengingat RS. Perubahan nama RS menjadi RSU Muhammadiyah Ponorogo adalah berdasarkan Akta Notaris dan PPAT Muhammad Ali Fauzi, SH No. 261 Tanggal 23 Desember 2013.
Tidak hanya sampai disitu, perubahan nama RS sekaligus diikuti oleh perbaikan fisik bangunan yaitu tampilan gedung depan RS (Jl. Diponegoro), perubahan visi, misi RS terutama menjelang keikutsertaan RS dalam Akreditasi Versi 2012 oleh KARS.
Dalam hal pembangunan, RSU Muhammadiyah Ponorogo berjuang untuk  semakin maju diantaranya dengan pembangunan IPAL, dan bahkan, Alhamdulillah, tanah diutara IGD yang dahulu masih sewa, telah dapat dibeli RS yang kemudian digunakan sementara untuk area parkir, Ruang Pemulasaran Jenazah, TPS (Tempat Pembuangan Sementara). Rencana kedepan adalah untuk pembangunan gedung RS sesuai master plan.
Selain fisik gedung, fasilitas penunjang juga ditingkatkan seperti renovasi ruang tunggu poliklinik spesialis, peningkatan kapasitas Genset menjadi 250 KVA serta yang utama adalah pemenuhan alat kesehatan seperti C-PAP dan bantuan CSR Bank BRI berupa alat Ventilator.
Perkembangan dalam system tekonologi IT juga mengalami perbaikan dimana mulai tahun 2014 diberlakukan aplikasi billing system baru yang terintegrasi dan semakin memudahkan sekaligus lebih akurat dan cepat. Selain itu, fasilitas untuk pasien dan pengunjung juga bertambah dengan disediakannya wifi (free hot spot) di area-area tunggu pasien/ pengunjung.
Pada tahun 2016, Alhamdulillah RSU Muhammadiyah Ponorogo lulus tingkat paripurna bintang lima Akreditasi Versi 2012, berdasarkan sertifikat akreditasi KARS-SERT/390/X/2016 pada tanggal 7 Oktober 2016.
Hingga pada awal tahun 2017, RSU Muhammadiyah Ponorogo mendapatkan kepercayaan untuk menjadi Rumah Sakit Trauma Center oleh BPJS Ketenagakerjaaan dimana setiap pesertanya dapat menggunakan fasilitas kerjasama layanan ini jika terjadi kecelakaan kerja atau penyakit akibat kerja.
Dengan demikian, selangkah demi selangkah perbaikan dan pembenahan terus dilakukan untuk mewujudkan pelayanan kesehatan yang berkualitas, kompetitif dan berfokus pada keselamatan pasien.