Pada tahun 2006 dilantik dr. H. Ilyas Sofana, Sp.OG sebagai Direktur baru Rumah Sakit Umum 'Aisyiyah Diponegoro No. 50 Ponorogo menggantikan dr. Hj. Rina Kurniawati.
Masa kepemimpinan dr. Ilyas Sofana, Sp.OG berlangsung selama hampir 1,5 periode (sd. Pertengahan Th. 2012). Selama kurang lebih 6,5 tahun menjabat, pembenahan terus dilakukan antara lain mulainya penyusunan master plan pembangunan RSU 'Aisyiyah Diponegoro.
Di periode beliau ini berlangsung pembelian tanah sekaligus pembangunan ruang bersalin (VK), Poliklinik spesialis, Pembangunan O2 Sentral dan Instalasi Bedah Sentral yang saat ini terletak di Gedung baru yang berarea di Jl. Banda. Selain itu juga dilakukan pengadaan Genset berskala kecil untuk area Poliklinik.
Pada th. 2011 RSU 'Aisyiyah Diponegoro untuk pertama kalinya mengikuti Survey Akreditasi 5 Pelayanan oleh Komisi Akreditasi Rumah Sakit (KARS) dan dinyatakan lulus pada 28 November 2011 dengan ditandai diserahkannya sertifikat Akreditasi KARS-SERT/153/XI/2011.
Selain lulusnya akreditasi tingkat dasar dengan penilaian di 5 POKJA yaitu Administrasi dan Manajemen, Pelayanan Medis, Pelayanan Gawat Darurat, Pelayanan Keperawatan dan Rekam Medis, RSU 'Aisyiyah Diponegoro pada pertengahan tahun 2012 meresmikan unit pelayanan intensif (ICU-ICCU).
Di era kepemimpinan dr. H. Ilyas Sofana, Sp.OG berbagai bantuan dari pemerintah berdatangan, seperti bantuan mobil Ambulance, meja dan mesin anestesi, paket computer dari Kementerian Kesehatan. Kemudian bantuan dari Wapres Yusuf Kalla berupa 10 tempat tidur elektrik.
Komitmen untuk mewujudkan SDI yang berkualitas baik skill dan kompetensinya, maka selain pembangunan infrastruktur, pun difikirkan untuk pembangunan SDI, antara lain dengan mengikutsertakan petugas medis RS dalam TKHI (Tenaga Kerja Haji Indonesia). Selain itu, di bidang pendidikan dan pelatihan, RS mengirimkan SDI untuk sekolah dan pelatihan seperti Pendidikan dokter spesialis anestesi, perawat anestesi, DIII Kebidanan dan pelatihan perawat ICU-ICCU.